Comprendre l’antibiorésistance pour comprendre l’impact sur notre santé.
L’antibiorésistance est la capacité d’une bactérie à résister aux effets des antibiotiques rendant alors l’antibiotique inefficace contre la bactérie ciblée. Cette notion peut s’étendre à d’autres microbes, comme les champignons par exemple, et l’on parle alors plus largement de résistance antimicrobienne.
Ces différentes capacités, de production d’antibiotique comme d’antibiorésistance, sont présentes naturellement chez les bactéries, leur permettant de prendre l’avantage sur d’autres espèces lorsqu’elles rentrent en compétition pour s’établir1. Différentes classes d’antibiotiques « naturels » ont été identifiés, puis grâce à l’étude du fonctionnement bactérien, on a pu synthétiser de nouvelles molécules permettant de contrôler le développement bactérien, ciblant plus spécifiquement certaines bactéries responsables de maladies. En parallèle de la baisse considérable de la mortalité grâce à l’usage de l’antibiothérapie, son utilisation intensive en médecine humaine et vétérinaire, pour l’élevage notamment, a considérablement augmenté la fréquence de microbes porteurs d’une ou plusieurs résistances aux antibiotiques, rendant certaines infections bactériennes difficiles voire impossibles à traiter.
L’Organisation Mondiale de la Santé considère l’antibiorésistance comme un sujet majeur de santé publique, représentant une des plus grandes menaces pour la santé humaine et animale. Il est donc important de mieux comprendre comment ces microbes multi-résistants acquièrent ces nouvelles compétences. Les recherches menées ces trente dernières années ont mis en évidence que le microbiote intestinal humain constitue un fort potentiel de réservoirs de gènes de résistance aux antibiotiques2. En effet, c’est principalement par l’échange de matériel génétique entre bactéries que les résistances aux antibiotiques se transmettent d’une bactérie à une autre, y compris au sein du microbiote intestinal humain3. Ce mode d’interaction par transfert concerne toutes les bactéries, et est très fréquent, jusqu’à une bactérie sur 100 4.
Il est alors possible de corréler la fréquence d’utilisation d’une antibiothérapie donnée dans un pays, à la fréquence de l’antibiorésistance associée dans cette même population. L’ensemble des gènes d’antibiorésistance présent au sein d’un individu voir même d’une population, humaine et animale, sur un territoire donné correspond au « résistome »5. La stabilité de ce résistome dans le temps suggère une possible transmission entre génération, comme observé lors de la comparaison des résistomes présents entre une mère et son enfant.
Ainsi cartographier les résistomes présents dans les microbiomes (humains et animaux) de chaque pays pourra permettre d’établir des politiques publiques ciblant plus précisément les risques d’antibiorésistance et d’en suivre l’évolution.
En parallèle, un effort de recherche considérable est nécessaire pour identifier de nouvelles thérapeutiques ciblant les bactéries pathogènes multirésistantes aux antibiotiques existants.
Sources
1. D’Costa, V. M. et al. Antibiotic resistance is ancient. Nature 477, 457–461 (2011).
2. Sommer, M. O. A., Dantas, G. & Church, G. M. Functional Characterization of the Antibiotic Resistance Reservoir in the Human Microflora. Science 325, 1128–1131 (2009).
3. Shoemaker, N. B., Vlamakis, H., Hayes, K. & Salyers, A. A. Evidence for Extensive Resistance Gene Transfer amongBacteroides spp. and among Bacteroides and Other Genera in the Human Colon. Applied and Environmental Microbiology 67, 561–568 (2001).
4. Résistance aux antibiotiques. Institut Pasteur https://www.pasteur.fr/fr/centre-medical/fiches-maladies/resistance-aux-antibiotiques (2017).
5. Forslund, K. et al. Country-specific antibiotic use practices impact the human gut resistome. Genome Res. 23, 1163–1169 (2013).
Auteur
Emelyne Lecuyer